To'g'ridan-to'g'ri CO2 emissiyalarining pastligiga qaramay, atom elektr stantsiyalari atrof-muhitga ta'sir qiladi (qurilish, resurslardan foydalanish, yo'qotishlar, mumkin bo'lgan oqish, chiqindilarni qayta ishlash va demontaj qilish), xarajatlar va boshqaruv va global xavfsizlik muammosini keltirib chiqaradi.